Для добавления скрипта в header.php

<?
$APPLICATION->AddHeadScript("/js/fancybox/jquery.mousewheel-3.0.4.pack.js",true)
?>

или строки

<?
$APPLICATION->AddHeadString('<link href="/js/fancybox/fancybox.css";  type="text/css" rel="stylesheet" />',true);
?>