Для добавления скрипта в header.php
<?
$APPLICATION->AddHeadScript("/js/fancybox/jquery.mousewheel-3.0.4.pack.js",true)
?>
или строки
<?
$APPLICATION->AddHeadString('<link href="/js/fancybox/fancybox.css"; type="text/css" rel="stylesheet" />',true);
?>